home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Mac Magazin/MacEasy 19 / Mac Magazin and MacEasy Magazine CD - Issue 19.iso / Wissenschaft & Technik / TopPredII folder / ReadMe 1.3 next >
Text File  |  1996-02-11  |  5KB  |  154 lines
  1. This is a new release of the TopPred II software which should substitute
  2. older versions. The essentials of this update are:
  3.  
  4. Application      TopPred II
  5. Version          1.3
  6. Update           Feb 1996
  7. Authors          M.G. Claros and G. von Heijne
  8. Description      Prediction of transmembrane segments in integral
  9.                    membrane proteins, and the putative topologies, using
  10.                    several algorithms
  11. Literature       CABIOS 10(6), 685-686 (1994)
  12.  
  13. Notes       1- TopPred II is available as a "compatible" application, or as
  14.                a "rapid" one. The rapid one needs 68020 processor, or later,
  15.                and FPU.
  16.                    
  17.             2- Three diferent algorithms are implemented to calculate 
  18.                transmembrane domains. The recommended is the described by Gunnar 
  19.                von Heijne in JMB 1992 (see the software on-line help), but it 
  20.                is also available the one of Patrick Argos in JMB 1994, and the 
  21.                one of F. Jähnig in TIBS 1990 for amphiphilic domains.
  22.  
  23.             3- Hydrophobic proteins can be classified as integral, peripheral
  24.                or non-membrane localization following the discriminant function
  25.                described by Klein et al in BBA 1985. 
  26.  
  27. TopPred II has been designed for Macintosh computers, using 
  28. THINK Pascal 4.0.2. If someone is interested in making a version
  29. compatible with other platforms, he may contact me.
  30.  
  31. Although I have done my best to ensure that this software is error free,
  32. I am not responsible for any misfortune you may suffer whatsoever caused
  33. through the use of TopPred II, being they incidental, consequential or 
  34. otherwise. So, TopPred II is supplied “as is”: it comes without any 
  35. warranties, express or implied, of any kind, including fitness for 
  36. purpose and merchantibility. You may find some bugs too, or things 
  37. lacking which should be included. If you have comments, I would like to 
  38. know them, but I do not assure to be able to fix them. You can distribute
  39. this software freely.
  40.  
  41.  
  42. TopPred II 1.3 (Feb 1996)
  43. =========================
  44.  
  45. New features:
  46.   
  47.   # Classification into integral, peripheral or non-membrane hydrophobic
  48.     protein is now available. The reference is given in the on-line help.
  49.  
  50.   # Profile plot boundaries are customed for each sequence.
  51.  
  52. Other modifications:
  53.  
  54.   - Screen text diplays are faster.
  55.  
  56.   - Author address has been updated.
  57.   
  58.   - The postcript version of the CABIOS article describing TopPred II is
  59.     no longer acompanying the programs to save space.
  60.  
  61.  
  62. TopPred II 1.2 (May 1995)
  63. =========================
  64.  
  65. New features:
  66.  
  67.   # It has a new printed header
  68.   
  69.   # An algorithm for amphiphilic transmembrane domains has been included
  70.     The corresponding modifications have been done in the on-line help.
  71.  
  72. Bugs fixed:
  73.  
  74.   - All the scroll bars are active when they should.
  75.   
  76.   - The "Results" window updates are correct now.
  77.   
  78.   - Deleting the excess of text in the same window is not apparent.
  79.   
  80.   - Keyboard equivalents for the Edit menu do work now.
  81.   
  82.   - My fax number has been corrected (the former was my phone number)
  83.   
  84.  
  85.  
  86. TopPred II 1.1.1 (April 1995)
  87. =============================
  88.  
  89. Bugs fixed:
  90.  
  91.   - "Integer overflow" error when more than 32 Kb of text is written
  92.     on the Results window will not occurs anymore.
  93.     
  94.   - Command-colon and ESC interruptions have been implemented
  95.   
  96.   - The text results were not always printable. They should be now.
  97.   
  98.   - When moving a TEXT file on the TopPred icon, the file is opened
  99.     correctly.
  100.   
  101.  
  102. TopPred II 1.1 (January 1995)
  103. =============================
  104.  
  105. TopPred II is now available in two different versions:
  106.  
  107.   § "TopPredII 1.1" which is "compatible" with any kind of macintosh
  108.   computer.
  109.     
  110.   § "TopPredII 1.1 FPU" which is a "rapid" version of TopPred. This one
  111.   needs a macintosh with a 68020 processor or later, containing an FPU.
  112.   This version is significatively faster making profiles and
  113.   constructing protein topologies (in several cases up to 6-fold 
  114.   faster)
  115.  
  116.  
  117. Other modifications:
  118.  
  119.   - "Open" has been substituted by "Load" in menus
  120.     
  121.   - Minor modifications have been operated in displaying results 
  122.     on screen.
  123.     
  124.   - FOS is no longer a TEXT file.
  125.     
  126.   - Previous versions hung when one searched for protein topologies
  127.     without any transmembrane domain. This is fixed now.
  128.     
  129.   - Problems reading some sequence files have been fixed.
  130.     
  131.   - G. von Heijne address and the reference to the article about
  132.     TopPred II have been updated in the on-line help.
  133.     
  134.   - Finally, some other minor details have been fixed, and several 
  135.     routines accelerated.
  136.  
  137.  
  138. Bugs not fixed:
  139.  
  140.   o Problems concerning the scroll bar of the text result
  141.     window: it is only active when the graphic window is hidden.
  142.     
  143.   o When the Edit menu changes, keyboard equivalents do not work untill
  144.     you open for the first time this menu in the new configuration.
  145.     
  146.   o When a TEXT file is moved on the TopPred icon, it opens but
  147.     displays a lot of error messages since TopPred thinks that it is
  148.     a FOS and not a sequence.
  149.     
  150.  
  151. Manuel G. Claros
  152. claros@ccuma.sci.uma.es
  153. claros@obelix.cica.es
  154.